公元2029年,近未來日本高度信息化,電子網絡覆蓋全球。全身義體化的草薙素子與巴特等人受荒卷大輔招募,組建公安九課,專門打擊網絡犯罪與國際陰謀。隨着神秘黑客“傀儡師”現身,一場關乎人類、意識與未來的賽博朋克危機就此展開。