在上古時期,仙界的元始天尊和靈寶天尊爲了發展自己的勢力,各自成立了闡教和截教,並在人界傳道佈教,扶持代理人。很快,雙方人馬便爆發衝突,幾千年來一直摩擦不斷,終於在人界引起一場曠世大戰,俗稱“封神之戰”。封神之戰,闡教勢力大獲全勝,但是元始天尊的終極神器“打神鞭”卻在戰後銷聲匿跡,再無音訊。3000年後,“打神鞭”的下落重現於世,線索直指人間,爲了找到“打神鞭”,闡教勢力在人間成立了“特殊事件管理局”(特管局)。特管局的成立並沒有表面看上去那麼簡單,似乎隱藏着巨大的陰謀。而截教的殘餘勢力也成立了“造神研究所”,暗地裡勾結妖界,研究人妖結合的終極力量,只爲東山再起。《三魂紀》的故事序幕由此展開。