神之謎題是以解謎爲題材的原創動畫,舞臺是私立學院學員高等部,主人公是對謎題十分着迷並自信逢謎必破的高一學生大門。有一天,他受到學生會長邀請,同青梅竹馬少女野葉一起前往學校附近的遺蹟解“不能解開之謎”,原來這是一個由神秘智能集團製造出的能危機人類生命的“賢者之謎”。可是熱愛解謎的大門硬要作出挑戰,在得到某件“物件”之後,大門即被點名成爲所謂的“解答者”。從此,他就與野葉和其他充滿個性的解答者一起挑戰潛藏於世界各地的“賢者之謎”。