“學園都市”是位於東京西部的巨大都市。在這總人口超過230萬、其中約8成人口是學生的都市中,學生們接受開發超能力的特殊課程,並且被依能力區分爲“無能力(Level0)”到“超能力(Level5)”的六階段。 上條當麻也是居住在學園都市的學生之一。由於寄宿在他右手的力量—只要是異能之力,就算是神之加護也能加以消除的“幻想殺手”,使得他被評價爲吊車尾的“無能力”,過着着充滿不幸的人生。 上條的學生生活,因爲暑假第一天從天而降的純白修女而產生了鉅變。自從與逃離“魔法”世界的少女—茵蒂克絲相遇後,上條便接二連三地被捲入各式各樣的事件中。在上條不斷冒險解決統治學園都市的“科學”側、以及與茵蒂克絲有所關聯的“魔法”側這兩方的事件的過程中,他的人際關係也逐漸擴展。然後,魔法側的十字教最大教派.羅馬正教終於注意到了上條的存在…。 有如呼應魔法側的行動般,身爲科學側的學園都市也開始展開行動。然而,爲了與在突然間開始對立的世界加以對抗,有一羣人站了出來。他們是因爲與上條接觸,使得命運大大改變的“英雄”們。他們也將再次挺身與世界對峙。就像上條當麻過去以來所做的那般。 當科學與魔法三度交鋒之時,故事將發生巨大的改變!!